Trường Trung học cơ sở (THCS) Hoàng Sa được thành lập trên cơ sở Trường THCS Lý Tự Trọng cơ sở 2. Theo đó, Trường THCS Hoàng Sa trực thuộc UBND quận Sơn Trà, là đơn vị sự nghiệp công lập, có tư cách pháp nhân, có tài khoản và con dấu riêng. Nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức và hoạt động của trường được thực hiện theo quy định tại Điều lệ trường THCS, THPT và trường phổ thông có nhiều cấp học của Bộ Giáo dục và Đào tạo.
Trường THCS Hoàng Sa sẽ chính thức đi vào hoạt động từ đầu tháng 7/2016, tiến hành tuyển sinh lớp 6 cho năm học 2016-2017 với khoảng 16 lớp, hơn 600 học sinh. Học sinh các khối lớp 7, 8 và 9 sẽ được chuyển một phần từ Trường THCS Lý Tự Trọng (phường Thọ Quang) sang.
Theo tin từ Sở Giáo dục và Đào tạo thành phố Đà Nẵng, mùa hè năm nay, lần đầu tiên tất cả các trường học trên địa bàn Đà Nẵng mở cửa phục vụ học sinh. Theo đó, tất cả các trường mở cửa thư viện và khu thể thao phục vụ học sinh vào một số ngày trong tuần, tùy năng lực và cơ sở vật chất của từng trường. Mục tiêu của việc làm này là để trường học hòa nhập với xã hội, phục vụ nhu cầu người dân khu vực gần trường và để các em có chỗ vui chơi trong dịp hè. Các câu lạc bộ võ thuật, âm nhạc… tại các trường được khuyến khích hoạt động suốt năm học, trên cơ sở xã hội hóa với mức thu 200.000 đồng/tháng/học sinh. Đặc biệt, từ tháng 6 trở đi, phong trào dạy bơi trong nhà trường được phát động trên toàn thành phố. Đồng loạt tại các điểm trường và một số đơn vị sẽ mở cửa dạy bơi cho trẻ em với mức giá ưu đãi 200.000 đồng/12 suất bơi; đồng thời có chính sách miễn, giảm học phí cho học sinh thuộc hộ nghèo, gia đình chính sách.