Ủy ban Quốc gia phòng, chống AIDS và phòng, chống tệ nạn ma túy, mại dâm là tổ chức liên ngành, có chức năng giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, phối hợp công tác phòng, chống AIDS và phòng, chống tệ nạn ma túy, mại dâm; giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo xây dựng chiến lược, chủ trương, chính sách, chương trình, kế hoạch phòng, chống AIDS và phòng, chống tệ nạn ma túy, mại dâm.
Ủy ban cũng có trách nhiệm giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, triển khai thực hiện, đôn đốc, kiểm tra, đánh giá hoạt động của các bộ, ngành, địa phương về công tác phòng, chống AIDS và phòng, chống tệ nạn ma túy, mại dâm.
Ủy ban còn có nhiệm vụ giúp Thủ tướng Chính phủ tổ chức, chỉ đạo sự phối hợp hoạt động giữa các bộ, ngành, địa phương, các đoàn thể; lồng ghép, phối hợp các chương trình, kế hoạch và nguồn lực của công tác phòng, chống AIDS và phòng, chống tệ nạn ma tuý, mại dâm theo yêu cầu và mục tiêu chung; chỉ đạo các bộ, ngành, các đoàn thể Trung ương, UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thực hiện nhiệm vụ được giao và báo cáo tình hình, kết quả thực hiện nhiệm vụ; giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo các hoạt động hợp tác quốc tế; tổng hợp, định kỳ báo cáo Thủ tướng Chính phủ tình hình thực hiện công tác phòng, chống AIDS và phòng, chống tệ nạn ma tuý, mại dâm.