Phần chùa chính Trà Phương còn được giữ lại.
Theo truyền ngôn địa phương, thủa hàn vi, Hoàng đế Mạc Đăng Dung một lần bị truy sát đã trốn trong chùa Bà Đanh mà thoát nạn. Sau này dựng nghiệp, để nhớ ơn cũ, Hoàng đế Mạc Đăng Dung xuống chiếu trùng tu, mở rộng chùa và đổi tên thành Thiên Phúc tự. Năm 2007, chùa Trà Phương được công nhận là Di tích Kiến trúc nghệ thuật cấp quốc gia. Tiếp đó, tháng 12/2020, bức phù điêu Thái Hoàng Thái hậu Vũ Thị Ngọc Toàn và tượng Thái tổ Mạc Đăng Dung đã được công nhận là Bảo vật quốc gia.
Tượng Thái tổ Mạc Đăng Dung cũng đã được nhà nước công nhận là Bảo vật Quốc gia.
Là di tích quan trọng, với nhu cầu mở rộng để phục vụ nhu cầu tín ngưỡng của người dân, sau nhiều lần xin ý kiến Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch, ngày 5/2/2022, UBND thành phố Hải Phòng đã ban hành quyết định về việc phê duyệt Báo cáo kinh tế, kỹ thuật tu bổ, tôn tạo di tích. Theo đó, UBND xã Thụy Hương được phân công là Chủ đầu tư dự án. Trong quá trình thực hiện, Chủ đầu tư phải tuân thủ các quy định của pháp luật về di sản văn hóa, xây dựng, tiếp thu và thực hiện đầy đủ các ý kiến của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch, tổ chức thi công theo đúng nội dung được phê duyệt….
Sau khi có quyết định phê duyệt, UBND xã đã giao Ban tu bổ, tôn tạo chuẩn bị các công việc cho việc thi công tu bổ, trực tiếp là Tiểu ban Quản lý di tích thôn Trà Phương do ông Nguyễn Văn Tình, Trưởng thôn, Trưởng Tiểu ban chịu trách nhiệm chỉ đạo.
Bức phù điêu Thái Hoàng Thái Hậu Vũ Thị Ngọc Toàn được nhà nước công nhận là Bảo vật Quốc gia.
Tuy nhiên, sai phạm cũng bắt đầu từ đây. Trong quá trình tu bổ, xây dựng, Tiểu ban Quản lý di tích do ông Nguyễn Văn Tình (Trưởng thôn) cùng sư trụ trì nhà chùa đã tự ý phá dỡ các hạng mục ngoài phương án đã được phê duyệt mà không báo cáo lên cấp trên. Cụ thể, hạng mục Tam bảo bị phá dỡ toàn bộ tường hồi của tiền đường, di chuyển vị trí thờ của hai Bảo vật quốc gia vào ngày 21/3/2023; hạng mục Nhà Tổ đã bị phá dỡ hoàn toàn vào ngày 10/4/2022.
Phóng viên đã có mặt tại chùa Trà Phương đầu tháng 4/2024 để ghi nhận từ thực tế, cho thấy hiện trạng chùa đã bị phá dỡ nghiêm trọng tại khu vực Tam bảo và nhà Tổ.
Trong buổi kiểm tra thực địa và ghi nhận tại văn bản gửi UBND thành phố Hải Phòng ngày 11/7/2023, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch cũng đã khẳng định "việc xây dựng khi chưa có văn bản thỏa thuận hồ sơ thiết kế, bản vẽ thi công là chưa tuân thủ các quy định của pháp luật về di sản văn hóa và pháp luật liên quan".
Các hạng mục Tam Bảo và nhà thờ Tổ đã phá dỡ toàn bộ.
Trước sự việc trên, UBND huyện Kiến Thụy cùng Sở Văn hóa và Thể thao thành phố Hải Phòng đã yêu cầu dừng thi công. Sau nhiều lần xin ý kiến, thống nhất, UBND xã Thụy Hương đã đề xuất phương án điều chỉnh Dự án tu bổ, tôn tạo di tích chùa Trà Phương. Tuy nhiên, phương án điều chỉnh này cũng chỉ để "hợp thức hóa" những sai sót vốn dĩ đã phá vỡ một công trình được công nhận là Di tích Kiến trúc nghệ thuật cấp quốc gia.
Ông Trịnh Văn Tú, Phó Giám đốc Sở Văn hóa và Thể thao thành phố Hải Phòng cho biết, việc tu bổ chùa Trà Phương đã làm đúng quy trình, từ cấp xã đến huyện và xin ý kiến đẩy đủ của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch. Việc phân cấp quản lý cũng đã thực hiện đúng nguyên tắc. Tuy nhiên, trong quá trình thực thi đã có những sai sót đáng tiếc xảy ra. UBND xã Thụy Hương đã họp, nhận sai sót và kiểm điểm Tiểu ban Quản lý di tích. Đây cũng là bài học để địa phương cũng như các cấp liên quan quản lý tốt hơn thời gian tới.
Được ví như danh lam thắng cảnh thời bấy giờ, chùa Trà Phương từng được quốc sư về thuyết pháp, giảng kinh. Sau khi nhà Mạc thất bại, quan quân Lê - Trịnh đã san bằng vùng đất Dương Kinh, tàn phá nặng nề nhiều công trình kiến trúc mang dấu ấn triều đại trước, trong đó chùa Trà Phương đã trở thành phế tích. Đến thời nhà Nguyễn, chùa Trà Phương được trùng tu lại nên hiện nay mang đậm nét kiến trúc nghệ thuật thời Nguyễn.
Các hạng mục Tam Bảo và nhà thờ Tổ đã phá dỡ toàn bộ.
Chùa Trà Phương có mặt chính quay về hướng Tây Nam, với các công trình kiến trúc như tòa thờ Phật, tòa thờ các vị Tổ sư, nhà khách, nhà bia, sân vườn và kiến trúc cổng chùa. Tòa thờ Phật trước đây có kiến trúc kiểu chữ Đinh với 5 gian bái đường, 3gian chuôi vồ; nhưng hiện nay chỉ còn lại 3 gian bái đường, 3 gian chuôi vồ. Trong chùa cũng lưu giữ nhiều hiện vật mang phong cách nghệ thuật nhà Mạc như: tượng vua Mạc Đăng Dung, tượng Thái Hoàng Thái hậu Vũ Thị Ngọc Toàn, đôi cá sấu đá và các bia ký...