Trước đây, mỗi năm khu du lịch này đón khoảng 200.000 lượt khách, nhưng liên tiếp trong 2 năm 2017 và 2018, lượng khách giảm chỉ còn khoảng 100.000 lượt/năm. Ngành Du lịch tỉnh dự báo, lượng khách sẽ còn tiếp tục giảm trong thời gian tới.
Để thực hiện Nghị quyết số 08/NQ-TW ngày 16/1/2017 của Bộ Chính trị về phát triển du lịch thành ngành kinh tế mũi nhọn, tỉnh Cà Mau đề nghị Bộ Công an chuyển giao toàn bộ diện tích Khu Du lịch di tích Hòn Đá Bạc cho tỉnh quản lý và thực hiện các công việc lập quy hoạch, phát triển du lịch (riêng khu vực bảo vệ I và II giao cho Công an tỉnh quản lý).
Tháng 4/2014, Khu Du lịch di tích Hòn Đá Bạc được thu hồi, chuyển giao cho Bộ Công an và do Công an tỉnh Cà Mau trực tiếp quản theo đề nghị của Bộ Công an. Từ đây, công tác phối hợp quản lý di tích và khai thác du lịch giữa cơ quan chủ quản (Công an tỉnh) và cơ quan chức năng quản lý chuyên ngành gặp không ít khó khăn, bất cập. Do chưa có cơ chế quản lý chính thức của đơn vị chủ quản nên làm hạn chế việc đầu tư, khai thác hoạt động du lịch, di tích tại Khu Du lịch Hòn Đá Bạc.
Cùng với đó, cơ sở vật chất, hạ tầng kỹ thuật, hệ thống giao thông xuống cấp chưa được đầu tư sửa chữa, nâng cấp, mở rộng; chất lượng dịch vụ, sản phẩm du lịch giảm sút, thiếu tính chuyên nghiệp. Việc xử lý và bảo vệ môi trường còn hạn chế, hệ thống nhà vệ sinh không đảm bảo phục vụ khách du lịch.
Đến nay, Khu Du lịch di tích Hòn Đá Bạc vẫn chưa có dự án đầu tư phát triển, chưa có quy hoạch tổng thể, quy hoạch chi tiết nhằm khai thác, phát huy tốt nhất giá trị lịch sử của di tích, phát triển tài nguyên du lịch biển đảo.
Việc đầu tư phát triển du lịch Hòn Đá Bạc xứng tầm với tiềm năng, thế mạnh sẽ góp phần phát triển kinh tế địa phương, tạo việc làm, tăng thu nhập cho người dân trong vùng.