Căn cứ vào tài liệu điều tra, Cơ quan Cảnh sát điều tra (PC03) Công an tỉnh Hưng Yên đã ra Quyết định khởi tố vụ án với 2 tội danh gồm: Giả mạo trong công tác (quy định tại Điều 359, Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi, bổ sung năm 2017) và Nhận hối lộ (quy định tại Điều 354, Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi, bổ sung năm 2017). Cơ quan điều tra cũng ra Lệnh bắt bị can để tạm giam đối với 7 đối tượng, tiến hành khám xét tại Trung tâm đăng kiểm xe cơ giới Hưng Yên 89-02S, có địa chỉ tại xã Bảo Khê, thành phố Hưng Yên (gọi tắt là TTĐK 89-02S); Trung tâm đăng kiểm xe cơ giới 89-05D, có địa chỉ tại Thị trấn Yên Mỹ, huyện Yên Mỹ (Hưng Yên).
Đáng chú ý, trong số 7 bị can có Nguyễn Thanh Sơn, sinh năm 1982, trú tại Quận Cầu Giấy, thành phố Hà Nội, nguyên là Phó Giám đốc, Đăng kiểm viên bậc cao của TTĐK 89-02S (hiện là Giám đốc Trung tâm đăng kiểm xe cơ giới 89-05D, địa chỉ tại Thị trấn Yên Mỹ, huyện Yên Mỹ - Hưng Yên.
6 bị can còn lại là các Đăng kiểm viên bậc cao, Đăng kiểm viên của các trung tâm đăng kiểm nói trên.
Điều tra ban đầu xác định, trong quá trình tham gia dây chuyền kiểm định đối với 3 xe ô tô tải biển kiểm soát 89C-131.59; 89C-191.63 và 89C-162.11 tại Trung tâm đăng kiểm 89-02S, các bị can trên đã bỏ qua các lỗi vi phạm thuộc trường hợp từ chối kiểm định, không đủ điều kiện cấp Giấy chứng nhận kiểm định theo Thông tư số 70/2015/TT-BGTVT ngày 1/11/2015 của Bộ Giao thông vận tải. Các lỗi gồm: lắp thêm thang đi lên nóc xe, giá nóc. Sau đó, lập các Phiếu kiểm định với kết quả đạt và sử dụng hình ảnh đăng kiểm cũ của xe (đã đủ điều kiện) lưu trữ tại máy tính của Trung tâm đăng kiểm xe cơ giới Hưng Yên để sao chép, chỉnh sửa in lên Giấy chứng nhận kiểm định mới của xe và cấp Giấy chứng nhận kiểm định trái quy định cho 3 xe ô tô tải nêu trên.
Ngoài ra, ngày 31/8/2021, với vai trò là Giám đốc Trung tâm đăng kiểm xe cơ giới 89-05D, Nguyễn Thanh Sơn đã nhận số tiền 10.000.000 đồng (mười triệu đồng) của 1 cá nhân để lập hồ sơ cải tạo xe cơ giới khống và kiểm định, cấp Giấy chứng nhận chất lượng an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường xe cơ giới cải tạo cho 1 xe ô tô tải.
Hiện, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Hưng Yên đang tiếp tục điều tra mở rộng vụ án, để xử lý theo quy định của pháp luật.